Nádory vaječníků a vejcovodů se léčí chirurgicky, dále pomocí chemoterapie, radioterapie (ozařování),  hormonální  nebo biologické léčby. Léčba je složitá a vyžaduje mnohdy kombinaci několika léčebných možností.

Základním krokem léčby je chirurgický výkon, tedy otevření břišní dutiny, kdy chirurg vyšetří orgány dutiny břišní, ověří rozsah onemocnění a odebere část nádoru na histologické vyšetření (vyšetření tkáně pod mikroskopem). Dle výsledku pak stanoví postup operace. 

Je-li onemocnění menšího rozsahu, provede tzv. radikální chirurgický výkon, který spočívá v odstranění vaječníků, vejcovodů, dělohy, velké předstěry (omentum), slepého střeva a mízních uzlin. Po tomto zákroku zůstává pacientka v nemocnici zpravidla 10 dní.

Pokud radikální výkon není možný, např. tehdy, když nádor postihuje orgány, které by mohl chirurg poranit, odebere lékař vzorek tkáně na histologické vyšetření a snaží se odstranit co nejvíce nádorových hmot.

U mladých pacientek, které si přejí v budoucnu otěhotnět, je možné u velmi časných stádií provést záchovný výkon, který těhotenství umožní.

Po chirurgickém výkonu, během kterého se chirurg snaží odebrat co největší množství nádorové tkáně a tkáně okolo nádorů, zvažuje lékař možnost podání pooperační chemoterapie (léků ničících nádorové buňky).

Chemoterapie má několik cílů. U nemocných po kompletním odstranění nádoru má zajistit, že po chirurgickém výkonu budou zničeny i zbylé ojedinělé nádorové buňky,  které mohou přetrvávat po operaci – adjuvantní léčba. U nemocných, kde nádor nemohl být radikálně odstraněn, jej může chemoterapie zmenšit natolik, že po 2–4 cyklech této léčby je možné provést výkon znovu a nádorovou tkáň odstranit – neoadjuvantní léčba.

Základními chemoterapeutickými léky pro léčbu nádorů vaječníků jsou taxany a deriváty platiny. Tato účinná léčba představuje standard v léčbě tohoto onemocnění. Podává se v třítýdenním intervalu a je aplikována do žíly. Před zahájením léčby je nutné vyšetření základních krevních a biochemických hodnot a funkce ledvin.

Jako u každé chemoterapie musí pacientka počítat s vedlejšími účinky - ztráta vlasů během prvních několika cyklů (po ukončení léčby vlasy zase dorostou), nechutenství, zvracení. I přes tyto nepříjemnosti se řada pacientek léčí ambulantně.

Cílená biologická léčba je nejmodernější onkologickou terapií, která je součástí standardních léčebných postupů u řady zhoubných nádorů. Používá se například v léčbě karcinomu tlustého střeva, karcinomu prsu, gynekologických zhoubných nádorů, nádorů hlavy a krku, plic, ledvin, jater, stromálních nádorů zažívacího traktu a zhoubných chorob krve. Podmínkou pro to, aby lékaři mohli biologickou léčbu pacientovi podat, je nezbytná znalost a správné vyšetření molekulárně biologických znaků nádoru, které zajišťují účinnost léčby.

Biologickou léčbu mají zpravidla možnost podávat pouze specializovaná zdravotnická zařízení, takzvaná Komplexní onkologická centra.